Pra Naruto
Setelah Madara kalah melawan Hashirama Senju di Lembah Akhir dan nyaris mati, dia diperkirakan bersembunyi di Kirigakure, untuk memulihkan kekuatannya. Dia diperkirakan menjadi Sandaime Mizukage, namun mungkin julukan Mizukage-nya mengacu pada Mizukage bayangan. Di sejarah ninja, Madara sudah dinyatakan mati namun dipandang sebagai Nukenin Uchiha yang sangat kuat. Tobirama Senju membentuk Satuan Kepolisian Uchiha agar tidak ada pengkhianat lagi seperti Madara Uchiha.
Saat Yagura, Yondaime Mizukage menjabat, Madara menggunakan genjutsu-nya untuk mengendalikan Yagura dan membuat Kirigakure menjadi desa berdarah karena peraturan pendidikannya yang mengharuskan membunuh. Lulusan dari akademi itu menjadi anggota Kiri no Shinobi Gatana Nananin Shuu (7 Shinobi Kiri Pemegang Pedang), seperti Zabuza Momochi. Kisame Hoshigaki, yang terkuat di antara 7 Shinobi Kiri, pada suatu waktu berkenalan dengan Madara. Kemudian Kisame mengkhianati desanya dan bergabung dengan Akatsuki.
Saat Nagato, pemimpin perang saudara terhadap Amegakure yang dipimpin Hanzou, terkenal karena Rinnegan dan Kuchiyose: Gedou Mazou-nya yang sanggup menghabisi pasukan koalisi Danzou dan Hanzou, Madara diperkirakan berusaha mencarinya. Dia kemudian membuat perjanjian dengan Nagato dan temannya Konan untuk menangkap 9 Bijuu dan membentuk Akatsuki dengan Nagato sebagai pemimpinnya dan mendapat nama alias Pain.
Nagato membentuk Akatsuki dengan tujuan menyadarkan orang-orang untuk mengenal penderitaan perang menggunakan 9 Bijuu agar mereka dapat membentuk perdamaian. Sementara Madara hanya memanfaatkan kekuatan Rinnegan dan Gedou Mazou milik Nagato untuk menangkap 9 Bijuu dan menggunakannya untuk suatu tujuan tertentu yang dia sebut "Rencana Mata Bulan". Madara juga membutuhkan Gedou Rinne Tensei no Jutsu milik Nagato, dengan alasan yang belum diketahui. Namun misi Nagato dan Madara sama, mengumpulkan 9 Bijuu untuk mengendalikan peperangan dunia ninja.
Naruto Dimulai
Kemudian Madara menyerang Konoha, beberapa saat (hari atau bulan) setelah Naruto lahir, bersama Kyuubi yang dikendalikan oleh Mangekyou Sharingan. Tidak diketahui bagaimana Kyuubi yang dilawan untuk melawan Hashirama bisa kembali bersama Madara, walaupun mungkin Madara berhasil menemukannya lagi atau memang selama ini berada bersama Madara.
Yondaime Hokage, Minato Namikaze yang terkenal sebagai Konoha no Kiiroi Senkou, berusaha menghentikan mereka namun Madara berhasil membaca semua gerakannya. Merasa bahwa Madara akan menjadi ancaman berbahaya, Minato menyegel cakra Yang Kyuubi pada anaknya, Naruto, dan menyegel cakra Yin pada dirinya sendiri menggunakan Shiki Fuujin jurus ciptaannya sendiri. Minato menyegel cakra Kyuubi pada Naruto untuk digunakan melawan Madara. Kemudian Madara kabur karena Kyuubi tersegel.
Para petinggi Konoha menyadari ada anggota Uchiha di balik peristiwa penyerangan ini. Kemudian atas desakan para petinggi Konoha (Danzou, Homura, Koharu), Hiruzen Sarutobi (Sandaimen Hokage) membentuk suatu perkampungan Uchiha di sudut Konoha untuk membatasi gerakan Uchiha dan mengawasi mereka.
Para Uchiha menyadarinya dan merencanakan pemberontakan. Itachi yang cinta damai dimanfaatkan oleh petinggi Konoha untuk memata-matai dan membantai Uchiha. Entah bagaimana, Itachi berhasil menemukan Madara dan meminta bantuannya untuk membantai Uchiha, sebagai pembalasan dendam pada klan Uchiha yang mengkhianatinya. Setelah membantai klan Uchiha, dengan menyisakan Sasuke yang masih kecil, Itachi meninggalkan Konoha dan bergabung dengan Akatsuki bentukan Madara. Selama di Akatsuki, Itachi membatasi gerakan Madara dan meminta Madara untuk tidak menyentuh Konoha maupun adiknya.
Shippuden (Sekarang)
Akatsuki baru mulai aktif menangkap Bijuu pada awal-awal Shippuden, dengan alasan yang tersembunyi, kemungkinan mereka melakukan persiapan. Setelah Sasori, salah satu anggota Akatsuki, dikalahkan Konoha, Madara berpura-pura menjadi anggota Akatsuki baru dengan nama Tobi dan menyembunyikan identitasnya dengan berpura-pura bodoh. Madara berusaha meneliti kemampuan Sasuke (kekuatan Sharingan-nya dikatakan masih 12%) dengan bertarung melawannya bersama Deidara. Kemudian dia berpura-pura mati sebagai Tobi karena ledakan Deidara.
Sasuke kemudian bertarung melawan Itachi karena rancangan Itachi. Sebelumnya, Itachi mengantisipasi kemungkinan Sasuke akan menyerang Konoha dengan menitipkan kemampuan misterius kepada Naruto. Itachi sengaja mati di hadapan Sasuke agar Sasuke terbebas dari Segel Gaib, mendapatkan Mangekyou Sharingan, dan dianggap pahlawan Konoha. Dia juga menitipkan Amaterasu sekali pakai pada Sasuke untuk mencegah Madara menipu Sasuke. Namun Madara berhasil terhindar karena teleportasi jutsunya yang tidak diketahui Itachi. Dia memprovokasi Sasuke untuk membenci Konoha dan berusaha menghancurkannya.
Madara menguji Sasuke dengan menyuruhnya menangkap Jinchuuriki Hachibi (Kirabi), sementara Nagato dan Konan menangkap Jinchuuriki Kyuubi (Naruto). Di luar dugaan, Sasuke berhasil ditipu Kirabi, sementara Nagato mengkhianati Madara dengan menggunakan Gedou Rinne Tensei no Jutsu untuk menghidupkan kembali penduduk Konoha. Nagato berubah hatinya karena Naruto. Nagato mati, Konoha hancur, sementara Konan meninggalkan Akatsuki. Naruto menjadi pahlawan Konoha, Danzou menggantikan sementara Tsunade yang tak sadarkan diri, dan Raikage mengadakan Pertemuan 5 Kage karena mengira Sasuke membunuh Kirabi.
Madara yang kecewa pada Sasuke menghentikan Sasuke menuju Konoha, dan menyuruhnya untuk membunuh Danzou di Pertemuan 5 Kage. Sementara itu, Madara mendiskusikan rencananya pada Dark Zetsu. Madara tidak mengira Nagato akan menggunakan Gedou Rinne Tensei no Jutsu yang seharusnya untuk Madara, Sasuke sebagai cadangan bagi Nagato untuk disinkronisasikan pada Gedou Mazou begitu Sasuke lebih kuat dari Nagato, kekesalannya pada Naruto yang merusak rencananya, dan Madara ingin menyegerakan "Rencana Mata Bulan".
Naruto, Kakashi, Yamato, dan Sai mendiskusikan kemungkinan Madara sebagai pemimpin Akatsuki. Sai kemudian memberitahu Danzou. Danzou memberitahu 4 Kage lainnya pada pertemuan di Negara besi bahwa Madara adalah pemimpin Akatsuki.
Untuk alasan yang aneh, Madara memerintahkan Light Zetsu untuk memberitahu para Kage akan penyusupan Sasuke pada pertemuan. Kemungkinan ini untuk menguji kekuatan dan menambah kebencian Sasuke, karena Sasuke meningkatkan aura gelap pada cakranya, dan tidak tanggung-tanggung membunuh. Raikage juga akan berhadapan dengannya. Sementara itu, Madara mendatangi Naruto untuk mengetahui bagaimana Naruto bisa membuat Nagato berkhianat. Dia juga akan memberitahu tentang Sasuke pada Kakashi, Yamato, dan Naruto, walaupun mungkin dengan sedikit kebohongan..
Jangan lupa baca komik nya yaaaa........!!!!!!!!!!!!
